A Prefeitura de Tokomizu funciona com oito departamentos e duas subprefeituras. Seu trabalho se resume a duas coisas: distribuir a água e organizar os turnos. Os departamentos levam os nomes usados na própria cidade.

| Departamento / subprefeitura | Setores | Principais tarefas |
|---|---|---|
| Assuntos Gerais | Calendário, Conselho, Arquivo | Calendário das águas e relógios de água dos cruzamentos, datas do Esvaziamento, eleição do Guardião de Ukisu e registros oficiais, sala silenciosa da prefeitura (depósito de registros e plantas antigas) |
| Vida Cotidiana | Registros, Moradia, Turnos, Quinhões | Registro do assoalho e registro das águas, ampliações e mudanças, distribuição do turno dos arrozais, quinhões e armazéns da cidade |
| Canais | Canais, Comportas, Canais Navegáveis, Reparos | Nível da água e Esvaziamento; Grandes Comportas, sinais de canal e comportas contra incêndio; canais navegáveis de Tenkyōgen; reparo de pontes, margens e paradas de barco |
| Guardas das Águas | Rondas, Qualidade da Água | Rondas dos peixes-vigia e tabuletas de registro, registros da qualidade da água, lagoas de filtragem do criadouro de patos, vigilância de Tenkyōgen |
| Energia de Peixe | Linhagens, Viveiros, Criadouro de Patos | Instituto de Energia de Peixe, distribuição de alevinos de peixes geradores, cadastro de viveiros, criadouro de patos do Lago do Norte |
| Corrente Úmida | Hidráulica da Montanha, Postes Repetidores, Salas Silenciosas | Energia hidráulica e rodas-d'água do monte Mizufuji, postes repetidores e contas receptoras, autorização e inspeção das salas silenciosas |
| Correio Fluvial e Balsas | Barcos Circulares, Correio Fluvial, Atracação | Barcos circulares (balsas municipais), coleta e entrega do correio fluvial, atracação e rotas dos barcos de comida, correio por tartaruga em Nenomachi |
| Turismo | Cem Paisagens, Viagens, Eventos | Informações turísticas, viagens a Miuchi e Nenomachi, eventos e horários dos caminhos da maré de Tenkyōgen |
| Subprefeitura de Miuchi (Migiwa) | Registros e correio fluvial de Miuchi, ajuste da hora do Sol e da Lua Artificiais, vigilância dos barcos na Costura | |
| Subprefeitura de Nenomachi (margem do Lago Superior) | Registros de Nenomachi, central de controle das comportas, linha de acesso proibido abaixo do Lago Inferior |
A prefeitura tem cerca de 530 servidores, e cerca de metade trabalha em regime de turnos.
Organizações fora da prefeitura
As brigadas de incêndio de cada vila, os santuários, os atacadistas de peixinhos-dourados e de carpas, a associação dos barcos de comida, a guilda dos carpinteiros de emendas, os banhos públicos, as escolas e os postos de saúde (mantidos por cada vila e aldeia) e a guilda de mineração de Nenomachi atuam de forma independente da prefeitura.
- Contato com os departamentos(em japonês)
